Не один раз на форумах дискуссировался вопросец: непременно ли устанавливать Joomla в корневую директорию сервера, либо можно устанавливать в поддиректорию. По сути никакой различия нет, единственный минус который возникает при установке в поддиректорию, это то, что веб-сайт становится доступен не как site.ru, а site.ru/joomla (где joomla это имя папки). Но этого можно просто недопустить средством использования mod_rewrite.

Допустим у нас на сервере Joomla установлена не в корень, а в директорию /joomla. Для того, чтоб мы могли обращаться к веб-сайту не указывая данной нам директории, нужно поместить в корень сервера файлик .htaccess последующего содержания:
RewriteEngine On
RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-f
RewriteRule !^joomla(/?|/.+)$ /joomla%{REQUEST_URI} [L]

При всем этом нужно не запамятовать убрать /joomla с значения переменной $mosConfig_live_site в конфигурационном файле Joomla